Le superordinateur le plus rapide du monde se joint à la bataille contre le COVID-19
Le COVID-19 a un nouvel ennemi redoutable : le superordinateur le plus rapide du monde.
Les biophysiciens de l’université du Tennessee ont utilisé le supercalculateur SUMMIT construit par IBM pour passer au crible des milliers de molécules et trouver des composés potentiels qui pourraient être utilisés comme nouveau médicament contre le SRAS-CoV-2, le coronavirus responsable de l’actuelle pandémie de COVID-19.
Après quelques jours de calculs, le superordinateur a réussi à trouver au moins 77 composés qui indiquent qu’ils pourraient potentiellement aider à empêcher le SRAS-CoV-2 d’envahir les cellules humaines.
Les résultats ont été récemment publiés dans un document disponible sur le serveur de préimpression ChemRxiv. Cela signifie que le document est en attente d’un examen par les pairs, de sorte que la recherche doit être considérée comme un “travail en cours”.
Les surfaces des coronavirus sont recouvertes de protéines en forme de couronne de pointes (d’où leur nom) qui permettent aux virus de se lier aux cellules humaines et de les infecter, un peu comme une serrure et une clé. En comprenant les protéines des virus et les récepteurs de la cellule hôte humaine, ainsi que la manière dont d’autres composés chimiques interagissent avec eux, il est possible de déterminer comment les médicaments pourraient être efficaces contre l’agent pathogène.
SUMMIT a été utilisé pour analyser en profondeur une base de données de plus de 8 000 composés connus à partir de médicaments, de produits chimiques, de plantes médicinales et de produits naturels existants. Son travail consistait à renifler les composés qui semblent capables de se lier aux pics de protéines du SRAS-CoV-2, bloquant ainsi la clé du virus et l’empêchant théoriquement d’envahir les cellules de l’organisme.
“Cela nous a pris un jour ou deux alors que cela aurait pris des mois sur un ordinateur normal”, a déclaré l’auteur de l’étude, Jeremy Smith, directeur du Centre de biophysique moléculaire de l’Université du Tennessee, dans un communiqué.
Le composé, représenté en gris, a été calculé pour se lier à la protéine du pic du SRAS-CoV-2, représentée en cyan, afin d’empêcher qu’elle ne s’attache au récepteur des cellules humaines, représenté en violet. Micholas Smith/Oak Ridge National Laboratory, Département américain de l’énergie
Bien sûr, rien ne garantit qu’aucun des composés trouvés par le superordinateur sera efficace dans la pratique. En outre, comme tout médicament, il faudra procéder à des tests et des essais cliniques approfondis avant de le considérer comme un traitement viable. Toutefois, les travaux du superordinateur ont permis d’identifier certains candidats prometteurs que les chercheurs pourront suivre.
“Nos résultats ne signifient pas que nous avons trouvé un remède ou un traitement pour COVID-19”, a déclaré M. Smith. “Nous avons cependant bon espoir que nos résultats de calcul éclaireront les études futures et fourniront un cadre que les expérimentateurs utiliseront pour étudier plus avant ces composés. Ce n’est qu’alors que nous saurons si l’un d’entre eux présente les caractéristiques nécessaires pour atténuer ce virus.”
SUMMIT est décrit comme la “Formule 1 des superordinateurs”. Situé au Oak Ridge National Laboratory dans le Tennessee, le superordinateur a la taille de deux courts de tennis et est capable de traiter plus de 200 quadrillions de calculs par seconde. Il est utilisé par différents chercheurs pour une série de nobles missions, allant de la modélisation des supernovas et de l’environnement à l’extraction de données sur le cancer et la génétique.
Cette recherche n’est pas la première à utiliser des ordinateurs pour trouver de nouveaux médicaments. Le mois dernier encore, des chercheurs ont utilisé un nouvel algorithme informatique pour passer au crible une vaste archive numérique de plus de 100 millions de composés chimiques et ont trouvé une molécule qui semblait posséder des propriétés antibiotiques vraiment remarquables.
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Source : IFLScience – Traduit par Anguille sous roche
