Des scientifiques découvrent un mystérieux virus au Brésil sans aucun gène connu qu’ils puissent identifier


Des scientifiques ont identifié un virus énigmatique dont le génome semble être presque entièrement nouveau pour la science, peuplé de gènes inconnus qui n’ont jamais été documentés auparavant dans la recherche virale.

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Le dénommé Yaravirus, du nom de Yara – ou Iara, une reine des eaux dans la mythologie brésilienne – a été retrouvé dans le lac Pampulha, un lac artificiel de la ville brésilienne de Belo Horizonte.

Bien que Yaravirus (Yaravirus brasiliensis) ne soit pas une sirène surnaturelle, le virus pourrait s’avérer aussi mystérieux que la nymphe aquatique de la légende.

C’est parce que le virus constitue “une nouvelle lignée de virus amibiens dont l’origine et la phylogénie sont déroutantes”, explique l’équipe de recherche dans un nouveau document pré-imprimé sur cette découverte.

Deux des principaux membres de cette équipe – les virologistes Bernard La Scola de l’université d’Aix-Marseille en France et Jônatas S. Abrahão de l’université fédérale du Minas Gerais au Brésil – devraient savoir de quoi ils parlent.

Il y a deux ans, ils ont contribué à la découverte d’une autre nouveauté virale liée à l’eau : le tupanvirus, un virus géant présent dans les habitats aquatiques extrêmes.

Les virus géants, par opposition à la variété ordinaire, sont appelés ainsi en raison de leurs énormes capsides (coquilles protéiques qui encapsulent les virions – particules virales).

Ces formes virales beaucoup plus grandes ont seulement été découvertes au cours de ce siècle, mais elles ne sont pas seulement remarquables par leur taille. Elles possèdent également des génomes plus complexes, ce qui leur donne la capacité de synthétiser des protéines et donc d’effectuer des opérations telles que la réparation de l’ADN, ainsi que la réplication, la transcription et la traduction de l’ADN.

Avant leur découverte, on pensait que les virus ne pouvaient pas faire de telles choses, étant considérés comme des entités relativement inertes et non vivantes, seulement capables d’infecter leurs hôtes.

Nous savons maintenant que les virus sont beaucoup plus complexes qu’on ne le pensait autrefois, et ces dernières années, les scientifiques ont découvert d’autres types de formes virales qui remettent également en question notre réflexion sur la façon dont les virus peuvent se propager et fonctionner.

La nouvelle découverte, le Yaravirus, ne semble pas être un virus géant, car il est composé de petites particules de 80 nm. Mais ce qui est remarquable, c’est que son génome semble unique.

“On a constaté que la plupart des virus connus des amibes partageaient de nombreuses caractéristiques qui ont finalement incité les auteurs à les classer dans des groupes évolutifs communs”, écrivent les auteurs.

“Contrairement à ce que l’on observe dans d’autres virus isolés d’amibes, le Yaravirus n’est pas représenté par une particule géante et un génome complexe, mais il porte en même temps un nombre important de gènes non décrits auparavant.”

Dans leurs recherches, les chercheurs ont découvert que plus de 90 % des gènes du Yaravirus n’avaient jamais été décrits auparavant, constituant ce que l’on appelle des gènes orphelins (alias ORFans).

Seuls six gènes trouvés présentaient une ressemblance lointaine avec des gènes viraux connus, documentés dans des bases de données scientifiques publiques, et une recherche dans plus de 8 500 métagénomes accessibles au public n’a fourni aucun indice quant à la parenté étroite du Yaravirus.

“En utilisant des protocoles standard, notre toute première analyse génétique n’a pas permis de trouver de séquences reconnaissables de capside ou d’autres gènes viraux classiques dans le Yaravirus”, expliquent les chercheurs.

“Selon les protocoles actuels de la métagénomique pour la détection virale, le Yaravirus ne serait même pas reconnu comme un agent viral.”

Quant à savoir ce qu’est réellement le Yaravirus, les scientifiques ne peuvent que spéculer pour l’instant, mais suggèrent qu’il pourrait s’agir du premier cas isolé d’un groupe inconnu de virus amibiens, ou potentiellement d’un type lointain de virus géant qui pourrait d’une manière ou d’une autre avoir évolué en une forme réduite.

Quoi qu’il en soit, il est clair que nous avons encore beaucoup à apprendre, disent les chercheurs.

“La quantité de protéines inconnues composant les particules du Yaravirus reflète la variabilité existant dans le monde viral et le potentiel de nouveaux génomes viraux qui restent à découvrir”, concluent les auteurs.

Les résultats sont présentés dans bioRxiv.

Lire aussi : Plusieurs virus anciens ont été découverts dans de la glace vieille de 15 000 ans

Source : ScienceAlert – Traduit par Anguille sous roche

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