Les gènes COVID-19 peuvent-ils s’intégrer à l’ADN humain ? De nouvelles preuves disent que oui

D’autres éléments viennent étayer cette affirmation controversée.

A transmission electron microscope image of SARS-CoV-2 – NIAID/Wikimedia Commons

Une équipe d’éminents scientifiques est à la recherche d’un meilleur test pour le COVID-19. Parfois, les personnes qui ont déjà été infectées par le COVID-19 dans le passé sont toujours positives au test le plus fiable, le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR), même si elles ne présentent aucun signe de réplication du COVID-19 dans leur système.

Ces scientifiques ont émis l’hypothèse que le COVID-19 peut s’intégrer de manière inversée dans les chromosomes humains (insérer des morceaux de son code génétique dans le génome humain), un processus qui n’est pas inhabituel pour les virus et qui pourrait expliquer ces rares cas de faux positifs au test PCR.

Certaines expériences récentes ont renforcé les arguments en faveur de l’intégration inverse des gènes ARN du COVID-19 dans l’ADN humain, mais les détracteurs de la recherche n’en sont pas si sûrs, affirmant que les résultats pourraient être un artefact de la préparation du laboratoire. Ils craignent également que les travaux ne soient mal interprétés et ne posent des problèmes de sécurité publique.

Le but de la recherche

Des tests précis et abondants sont importants pour aider à contrôler la propagation de toute maladie. Le test PCR a longtemps été la référence pour le test COVID-19. Nous avons utilisé le test PCR avec beaucoup de succès et avons appris les différentes limites du test. Dans le but de disposer d’un test plus fiable, ces scientifiques ont cherché à expliquer pourquoi certains patients continuent d’être testés positifs au COVID-19 alors qu’ils n’ont pas d’infection active au COVID-19.

Richard Young, spécialiste de la régulation des gènes, et Rudolf Jaenisch, biologiste spécialiste des cellules souches au Massachusetts Institute of Technology, ont dirigé une équipe de chercheurs pour étudier cette anomalie. Étant donné que le SRAS-CoV-2, le virus responsable de l’infection par le COVID-19, possède des gènes fabriqués à partir d’ARN, cette équipe de chercheurs s’est concentrée sur l’idée que, peu fréquemment, une enzyme humaine puisse copier des séquences virales dans notre ADN et les insérer dans nos chromosomes.

La transcriptase inverse (TI) est une enzyme utilisée par le LINE-1 (Long Interspersed Nuclear Element) pour générer de l’ADN complémentaire à partir d’un modèle d’ARN ; c’est ce qu’on appelle la transcription inverse. Les séquences codées LINE-1, de loin les plus abondantes chez l’homme, sont dispersées sur 17 % de notre génome et sont remplies des restes génétiques d’anciennes infections rétrovirales. Au total, les éléments LINE représentent environ 21 % du génome humain.

Dans leur dernier article publié par Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), Jaenisch affirme que son équipe a trouvé « des preuves ambiguës que les séquences de coronavirus peuvent s’intégrer dans le génome ». Les chercheurs ont trouvé une relation entre les éléments LINE-1 et les séquences génétiques virales intégrées qui étayent leur hypothèse de transcription inverse. En outre, ils ont travaillé avec Stephen Hughes, un sceptique de leurs travaux du National Cancer Institute, pour aider à clarifier si l’intégration virale se produisait réellement ou s’il s’agissait simplement de bruit dans l’expérience. Ce travail a permis d’étayer l’hypothèse initiale et a été à la fois utile et éclairant pour l’expérience.

Un autre critique de ces travaux, Cedric Feschotte de l’université Cornell, expert des séquences de rétrovirus endogènes chez l’homme, considère l’article du 25 mai comme beaucoup plus convaincant et considère désormais cette hypothèse comme « plausible », bien qu’il ne soit pas totalement convaincu que ces données aient un quelconque rapport avec la question posée. Il déclare : « En l’absence de preuve d’intégration chez les patients, le plus que je puisse retenir de ces données est qu’il est possible de détecter des événements de rétroposition de l’ARN du SRAS-CoV-2 dans des lignées cellulaires infectées où L1 est surexprimé. La signification clinique ou biologique de ces observations, le cas échéant, relève de la pure spéculation. » Young pense qu’ils ont trouvé des marqueurs d’ARN qui indiquent le processus d’intégration, mais reconnaît qu’ils n’ont pas trouvé de preuve directe de l’intégration de l’ARN viral.

Bien que l’idée que le COVID-19 puisse être transcrit de manière inverse en ADN humain ait été renforcée, le jury n’a pas encore tranché. Les chercheurs n’ont pas encore déterminé si ce processus se produit effectivement ou si les informations issues de cette recherche seront utiles aux scientifiques dans leur lutte contre la pandémie de COVID-19.

Critiques et désinformation

Ces recherches remontent à décembre 2020, date à laquelle Jaenisch et Young ont publié pour la première fois ces travaux dans une préimpression sur bioRxiv, et l’équipe a depuis reçu de nombreuses critiques sur leurs travaux. Certains, comme Feschotte, ont critiqué la science dans la publication originale, estimant que les données étaient trop minces pour soutenir l’hypothèse de la transcription inverse. Anastasiya Kazachenka, du Francis Crick Institute, et George Kassiotis, du département des maladies infectieuses du St. Mary’s Hospital de l’Imperial College de Londres, ont publié un article sur bioRxiv qui s’oppose aux affirmations de Jaenisch et Young. Leur article affirme que les données originales « sont plus susceptibles d’être un produit méthodologique [sic] que le résultat d’une véritable transcription inverse, d’une intégration et d’une expression ».

L’équipe s’est montrée ouverte aux critiques scientifiques de son travail. Jaenisch a reconnu que Kazachenka et Kassiotis pourraient avoir raison et que la technique qu’ils ont utilisée a probablement créé des chimères humaines-virales. Les chercheurs savent également que leurs données étaient incomplètes et faibles lorsqu’ils les ont publiées pour la première fois sur bioRxiv.

Comme la plupart des revues, PNAS demande aux auteurs de publier immédiatement toutes les études liées au COVID-19 sur un serveur de préimpression. Plutôt que d’attendre des mois pour que des études potentiellement informatives passent le cap du processus d’examen par les pairs, le fait de publier immédiatement les résultats dans une préimpression permet aux scientifiques d’avoir un accès rapide aux informations qui pourraient s’avérer utiles pour les études sur le COVID-19.

Malgré ce système, qui est destiné à être utilisé uniquement par des scientifiques, certains critiques ont accusé Jaenisch et Young d’alimenter des craintes non fondées selon lesquelles les vaccins COVID-19, qui sont basés sur l’ARN messager (ARNm), pourraient d’une manière ou d’une autre altérer l’ADN humain. Il est important de noter que les vaccins à ARNm ne modifient pas l’ADN humain. Janesich et Young ont également souligné à plusieurs reprises dans chacune de leurs publications qu’ils n’impliquaient pas que les vaccins à ARNm puissent s’intégrer à l’ADN humain. Ils ont également reçu des critiques injustes sur l’idée que les personnes ayant intégré les gènes COVID-19 sont contagieuses, une affirmation qu’ils désavouent dans leur thèse.

Même si cette controverse s’est calmée depuis décembre, Jaenisch et Young affirment que c’est la plus grande critique qu’ils aient jamais reçue pour une préimpression. À tel point que, lorsque Jaenisch a été interrogé sur la décision de publier la préimpression en décembre avant la soumission initiale à une revue (qui a été rejetée), il a répondu : « J’aurais probablement dû dire “allez vous faire voir”, je ne le mettrai pas sur bioRxiv. C’était une erreur de jugement. » Jaenisch a également souligné que le journal dans lequel il cherchait initialement à être publié exigeait que tous les articles sur les coronavirus soient publiés sur le serveur de préimpression dès leur soumission.

Pour capturer ce même sentiment de l’autre côté, un microbiologiste sur bioRxiv a posté un commentaire disant : « S’il y a jamais eu une préimpression qui devrait être supprimée, c’est celle-là ! Il était irresponsable de la mettre en ligne en tant que préimpression, compte tenu de l’absence totale de preuves pertinentes. Certains s’en servent maintenant pour semer le doute sur les nouveaux vaccins. »

Ce cas souligne l’importance d’être intentionnel et prudent lorsque nous recueillons des informations en science, en particulier lorsqu’il s’agit de la santé et d’un nouveau virus. Devrions-nous encourager les scientifiques à partager rapidement les informations par le biais des serveurs de préimpression afin de contribuer à « diffuser l’information », même si celle-ci est erronée ? Devrions-nous supprimer certains types de recherche dans les étapes moins développées pour lutter contre les acteurs malhonnêtes qui utiliseraient les informations de manière inappropriée ? Comment maximiser notre capacité à partager des informations utiles tout en minimisant les mauvaises études et le détournement de la recherche ? Voilà le genre de questions auxquelles la communauté scientifique devra répondre alors que nous sortons de cette pandémie et que nous continuons à progresser au XXIe siècle.

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Source : Interesting Engineering – Traduit par Anguille sous roche