Les pangolins n’ont peut-être pas été l’hôte intermédiaire du SRAS-CoV-2 après tout
La compréhension des origines du virus à l’origine de la COVID-19 est l’une des questions clés que les scientifiques tentent de résoudre tout en cherchant à gérer la pandémie.
Mais dans une situation qui évolue rapidement, nous sommes obligés de pointer du doigt quelques suspects innocents en cours de route.
L’hypothèse actuelle va dans ce sens : Le SRAS-CoV-2 est passé par un animal hôte mystérieux au cours de son évolution présumée de la chauve-souris à l’homme. Les pangolins, en danger critique d’extinction, ont été les candidats préférés de cet hôte intermédiaire, mais une analyse génomique menée par le généticien Ping Liu de l’Académie des sciences de Guangdong en Chine a fourni la preuve que ce n’est peut-être pas le cas.
Le SRAS-CoV-2 appartient au genre de coronavirus Betacoronavirus ; ce groupe de coronavirus infecte principalement les mammifères, et la nouvelle étude suggère que les pangolins sont en effet des hôtes naturels pour eux.
L’équipe a reconstitué la quasi-totalité du génome des coronavirus trouvés chez deux pangolins javanais malades (Manis javanica). Ils ont appelé le coronavirus isolé chez ces animaux en danger critique d’extinction pangolin-CoV-2020. Sa séquence finale comportait 29 521 paires de bases, à peine plus courtes que les quelque 30 000 paires de bases constituant le SRAS-CoV-2.
Le génome résultant présentait une similitude de séquence de 90,32 % avec le CoV-2 du SRAS et de 90,24 % avec le coronavirus de la chauve-souris BatCoV-RaTG13 de Rhinolophus affinis, qui reste le plus proche connu du CoV-2 du SRAS, avec une concordance de 96,18 %.
Mais les similitudes de séquence ne reflètent pas toute l’histoire. Les instructions génétiques du pic protéique essentiel du virus du SRAS-CoV-2 correspondaient davantage au coronavirus de la chauve-souris et au coronavirus humain qu’à celui du pangolin.
Cependant, le virus du pangolin partage essentiellement le même récepteur de liaison à l’ACE2 que celui utilisé par le virus COVID-19 – la partie du pic qui permet au virus de pénétrer et d’infecter les cellules humaines. Cela a également été constaté dans une autre étude qui est toujours en cours d’examen, et a conduit à suggérer que le coronavirus humain pourrait être un type d’hybride (une chimère) entre une chauve-souris et un virus pangolin.
L’équipe de Liu pense également que ces similitudes pourraient indiquer qu’un événement de recombinaison s’est produit quelque part dans l’évolution de ces différents virus – où les génomes viraux ont échangé des morceaux de leur matériel génétique entre eux. Cependant, leur analyse de la relation évolutive entre les trois virus ne soutient pas l’idée que la version humaine a directement évolué à partir de celle du pangolin.
« Au niveau génomique, le SRAS-CoV-2 était aussi génétiquement plus proche du Bat-CoV-RaTG13 que du pangolin-CoV-2020 », écrivent-ils dans leur article.
Il est clair qu’il reste encore beaucoup d’inconnues. Avec plus de 4 millions de cas confirmés dans le monde et un nombre de décès en forte augmentation, le besoin de comprendre le plus possible sur ce virus ne cesse de s’intensifier.
Cependant, une chose que toutes ces études génétiques ont fermement écartée est l’idée que le virus a été fabriqué en laboratoire.
Quant aux pangolins, ils avaient été sauvés par le Guangdong Wildlife Rescue Center après avoir été passés en contrebande pour le marché noir, et ont malheureusement succombé à leur maladie. L’équipe de Liu n’a pas pu déterminer si leur mort était liée au coronavirus qu’ils avaient trouvé.
Mais peut-être qu’un peu de bien peut découler de tout cela, au moins pour le mammifère le plus trafiqué au monde, concluent les chercheurs :
« Il sera important de minimiser l’exposition des humains à la faune sauvage pour réduire les risques de propagation des coronavirus des animaux sauvages aux humains. »
La nouvelle recherche a été publiée dans PLOS Pathogens.
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Source : ScienceAlert – Traduit par Anguille sous roche
